故事發生在德川幕府誕生數十年後。傳說世上有三件由太空金屬製成的神器，得到它們就能擁有征服世界的力量。我們的主人公是身背三神器之一「大帝之劍」的武士萬源九郎，他遵從祖父的遺命要將三神器送往原來的歸屬之處，為了尋找剩下的「鬥神的獨鈷杵」、「猶大的十字架」而踏上旅程。 旅途中，源九郎邂逅豐臣家後裔美麗的公主舞。源九郎打敗德川家的追兵，救了公主，接著便與舞及其守護者——真田忍者佐助結伴同行。突然之間，舞變得言行詭異，與往常判若兩人。原來宇宙人藍為了獲得舞體內的宇宙金屬，附到了她的身上。另外，又一個宇宙金屬的追尋者——神秘美劍士牡丹也在監視著源九郎一行。 德川家派出的妖怪忍者軍團「土蜘蛛眾」意欲剪滅豐臣後裔、奪走神器，不斷襲擊源九郎一行。還有追蹤藍從宇宙邊緣來到地球的外星人達庫夏也先後附身在熊男、獵人權三以及破顏坊身上，連連製造麻煩。「有趣有趣！」源九郎從來就沒有害怕過挑戰，他揮舞著巨劍迎擊一個又一個的敵人。
