在第三次聖杯戰爭過後，御三家愛因茲貝倫、遠阪、馬奇裡處於虛弱無力的狀態，大聖杯系統因而被納粹勢力所奪取，後來又被其他的魔術師搬運至別處。冬木市的聖杯戰爭也迎來了終結。 聖杯戰爭的資訊被公布，此後在世界各地都發生了聖杯戰爭的「亞種」，召喚英靈變得稀鬆平常。然而這些亞種的聖杯戰爭召喚的英靈數量有限，且無法到達根源。 冬木市的聖杯被搬運至羅馬尼亞，該地區的一支魔術師向時鐘塔宣戰，並打算成立新的魔術協會。他們利用聖杯系統召喚了七名從者，而時鐘塔利用了大聖杯的「非常時期機制」，另外召喚了另一派別的七名從者。而聖杯本身也召喚了一名特殊職階的從者－裁定者（Ruler）。而故事的主線，就圍繞在這紅黑雙方從者/御主之間的戰鬥以及和管理者的衝突而展開。
